Neben dem Agneskloster in Prag entstanden in der franziskanischen Frühgeschichte und auch später zahlreiche Klarissenklöster in Tschechien, so in Cheb, Panenský Týnec, Český Krumlov, Olomouc, Znojmo, Opava, Brno und anderswo. Alle diese Klöster wurden durch die Politik des Kaisers Josef II. im Jahre 1782 aufgehoben.
Ein gutes Jahrhundert später gab es jedoch wieder eine Neugründung, diesmal der Klarissen-Kapuzinerinnen, die von Holland ausgehend 1914 in Litoměřice begannen. Jetzt waren es die Kommunisten, die das Kloster 1950 wieder aufhoben. Nach dem Ende der kommunistischen Ära konnte diese Gemeinschaft mit jungen Schwestern in Šternberk wieder beginnen. Ihr neues Kloster, das als Patronin die hl. Agnes von Prag hat, wurde 1996 eingeweiht.
Während der langen Zeit kommunistischer Kirchenverfolgung (1950 – 1989) entstand auch eine kleine Gemeinschaft von jungen Frauen in Brno, die unter der Leitung der Franziskaner im Geheimen nach der Regel der hl. Klara lebten. Dies konnte jedoch nicht in der traditionellen Form eines kontemplativen, zurückgezogenen Klosterlebens geschehen. Da die Schwestern aber diese Lebensweise kennenlernen wollten, gingen sie nach der „samten Revolution“ in ein westdeutsches Klarissenkloster in Paderborn, wo neue Kandidatinnen hinzukamen und die Ordensausbildung begannen. 1994 kehrten sie nach Brno zurück und konnten 1997 in ein neues Kloster in Brno-Soběšice einziehen, das der Gottesmutter unter dem Titel „Maria Immaculata“ geweiht ist.